Las Lesiones en Sustancia Blanca cerebral (LSB) aparecen tanto en sujetos sanos como en ciertas patologías, siendo visibles con imágenes FLAIR de Resonancia Magnética, las cuales se presentan como áreas más brillantes respecto al resto del tejido. El uso clínico de imágenes FLAIR se basan en la inspección visual, sin embargo, este enfoque no permite la evaluación y cuantificación de lesiones que pueden ser muy importantes para diferenciar y evaluar el comportamiento de alguna patología. Actualmente existen pocas herramientas para computar y analizar este tipo de lesiones de forma automática, y más aún, que permitan determinar una serie de características importantes como volumen, cantidad, intensidad, forma, ubicación, útiles para realizar análisis y comparaciones entre grupos que permitan determinar el comportamiento de diferentes patologías que afectan la sustancia blanca cerebral. En este trabajo se presenta el desarrollo de una herramienta utilizando MATLAB y librerías de SPM donde se requiere una imagen FLAIR y una T1 por sujeto para segmentar y cuantificar estas lesiones. Se inicia con un preproceso que consiste en corregistrar la imagen T1 y FLAIR. Para realizar comparaciones intersujeto, todas las imágenes son normalizadas y deformadas hacia un espacio estándar MNI usando deformación difeomórfica. Posteriormente se segmentan las LSB y se extraen sus características. El algoritmo permite también realizar comparaciones de grupo a través de Anovas. Se reclutaron 18 sujetos sanos y 18 pacientes de Parkinson pareados por edad para evaluar la utilidad de la herramienta. Los resultados mostraron que los pacientes de Parkinson presentaron mayor cantidad de lesiones que los controles sanos y distribuidas mayormente en regiones del hemisferio derecho y Lóbulo parietal (p < 0.05). Adicionalmente, las lesiones en pacientes de Parkinson presentaron significativamente márgenes mas irregulares que las lesiones de los controles sanos. Los pacientes de Parkinson no sólo presentan volúmenes significativamente incrementados de LSB, como es lógico de suponer, dada su condición de enfermedad neurodegenerativa. Sin embargo, los pacientes manifiestan aspectos muy importantes como la lateralidad e irregularidad del contorno de las lesiones que pueden ser características únicas de la enfermedad y que podrían considerarse un biomarcador importante en la evaluación general de la enfermedad de Parkinson.