DSpace Collection: Maestría en Biociencias Aplicadas

Construcción de un clon sintético de un carlavirus en papaya carica papaya

2026-03-26T21:10:27Z

Title: Construcción de un clon sintético de un carlavirus en papaya carica papaya Authors: Vera Cadena, Milenka Andreina; Quito Ávila, Diego Fernando, Director Abstract: CONDITION FOR PUBLICATION OF PROJECT. Several viruses affecting papaya have been reported, some with high economic impact. Through high-throughput sequencing (HTS) of latex exudate from papaya plants, a viral RNA with high homology to members of the genus Carlavirus was detected, identified as Papaya defective virus 1 (PapDfV1), with 96 % identity at the nucleotide level with Zhejiang betaflexivirus 2 (ZhBV2). Genomic analysis of PapDfV1 revealed an extensive deletion in genes related to viral movement and encapsidation. This study addresses for the first time the construction of a synthetic clone of PapDfV1 to study its infectivity and symptomatology. Synthetic fragments of PapDfV1 and ZhBV2, with and without ribozyme, were designed and assembled using IIS-type restriction enzymes. The constructs were transformed into E. coli Top 10 and subsequently into Agrobacterium tumefaciens (strains GV2260 and AGL1). Host plants (common bean, soybean, Nicotiana benthamiana, N. occidentalis and papaya) were inoculated by two agroinoculation methods. Infectivity was evaluated by reverse-transcription (RT)-PCR and transmission electron microscopy (TEM). Addition of ribozyme enhanced ZhBV2 infection in soybean and bean. PapDfV1 was not infective on any of the inoculated plants under any treatment. The results suggest that PapDfV1 may require helper viruses or host-specific factors for replication and systemic movement. Keywords: Papaya defective virus 1, Zhejiang betaflexivirus 2, RT-PCR, agroinoculation Description: CONDICIONAMIENTO DE PUBLICACION DE PROYECTO. Se han reportado diversos virus que afectan a la papaya, algunos con alto impacto económico. Mediante secuenciación de alto rendimiento (HTS) del exudado de látex de plantas de papaya, se detectó un ARN viral con alta homología a miembros del género Carlavirus, identificado como Papaya defective virus 1 (PapDfV1), con 96 % de identidad a nivel de nucleótidos con Zhejiang betaflexivirus 2 (ZhBV2). El análisis genómico de PapDfV1 reveló una deleción extensa en genes relacionados con el movimiento y encapsidación viral. Este estudio aborda por primera vez la construcción de un clon sintético de PapDfV1 para estudiar su infectividad y sintomatología. Se diseñaron fragmentos de PapDfV1 y ZhBV2, con y sin ribozima, y se ensamblaron mediante enzimas de restricción tipo IIS. Los constructos se transformaron en E. coli Top 10 y posteriormente en Agrobacterium tumefaciens (cepas GV2260 y AGL1). Las plantas hospedantes (judía común, soja, Nicotiana benthamiana, N. occidentalis y papaya) fueron inoculadas mediante dos métodos de agroinoculación. La infectividad se evaluó por reverse-transcription (RT)- PCR y microscopía electrónica de transmisión (TEM). La adición de ribozima mejoró la infección de ZhBV2 en soja y judía. PapDfV1 no fue infeccioso en ninguna de las plantas inoculadas bajo ningún tratamiento. Los resultados sugieren que PapDfV1 podría requerir virus auxiliares o factores específicos del hospedero para su replicación y movimiento sistémico.

Indicador de salud: parásitos haemosporidios en la comunidad de aves del bosque seco tropical

2026-03-26T21:04:32Z

Title: Indicador de salud: parásitos haemosporidios en la comunidad de aves del bosque seco tropical Authors: Pibaque Suárez, Peter Andrés; Piedrahita Piedrahita, Paolo Michael, Director Abstract: CONDITION FOR PUBLICATION OF PROJECT. Avian haemosporidian parasites (Order: Haemosporidia) are the causal organisms for avian malaria and other diseases that affect birds worldwide. Research on this topic has not been conducted in the dry deciduous forest, a globally endangered ecosystem, and the avifauna present in them. Sampling via mist netting was conducted during 2024 to obtain morphology data and blood samples for further evaluation by microscopy and molecular biology methods of birds captured in three deciduous dry forests in Ecuador. Analysis revealed infection by parasites on bird species without records of parasite transmission: Black-capped Sparrow - Arremon abeillei, Gray-and-gold warbler - Myiothlypis fraseri and Streaked saltator - Saltator striatipectus. Statistical testing showed no differences in body condition between infected and non-infected individuals of two groups of captured species. Results also showed infection by non-haemosporidian blood parasites on two species with no previous record of blood parasite infection. This research contributes new parasite observations on birds from the deciduous dry forests, a region where parasitology studies involving microscopy and molecular biology methods are scarce. Keywords: Haemosporidians, blood parasites, deciduous dry forests, avian malaria Description: CONDICIONAMIENTO DE PUBLICACION DE PROYECTO. Los parásitos haemosporidios aviares (Orden: Haemosporidia) son el organismo causante de la malaria aviar y otras enfermedades que afectan a las aves a nivel mundial. Investigaciones referentes a este tema no han sido conducidas en el bosque seco deciduo, un ecosistema amenazado a nivel global y la avifauna presente en ellos. Se realizó un muestreo mediante la captura de aves por redes de neblina durante el año 2024 para obtener datos de morfología y muestras de sangre de aves en tres diferentes bosques deciduos del Ecuador. El análisis reveló infecciones de parásitos en especies sin registros previos: Saltón gorrinegro - Arremon abeillei, Reinita gris y dorada - Myiothlypis fraseri y Saltador listado - Saltator striatipectus. Pruebas estadísticas no mostraron diferencias en la condición corporal entre individuos infectados y no infectados de dos grupos de especies capturadas. Los resultados también mostraron casos de infección por parásitos no haemosporidios en dos especies sin registros previos de infecciones de parásitos. Este trabajo aporta con nuevos registros de parásitos de aves en el ecosistema del bosque seco deciduo, donde estudios de parasitología mediante técnicas de microscopía y de biología molecular en aves son escasos.

Microbiota intestinal y su relación con el estado nutricional en niños, caso de estudio: Monte Sinaí

2026-03-26T20:47:18Z

Title: Microbiota intestinal y su relación con el estado nutricional en niños, caso de estudio: Monte Sinaí Authors: Ordóñez Rosero, Carlos David; Carvajal Aldaz, Diana Gabriela, Director Abstract: CONDITION FOR PUBLICATION OF PROJECT. Increasing evidence indicates that the composition of children’s gut microbiota can influence children malnutrition. Currently, there is no available evidence of this relationship in Ecuador. The primary objective of this research was to evaluate the composition of the gut microbiota in healthy and malnourished children from Monte Sinaí to identify microbial markers associated with health and malnutrition. This was a cross-sectional observational study approved by an ethics committee. Children living in Monte Sinai, Ecuador who were 5 years or younger were recruited after obtaining their parents/guardians informed consent. Participants were categorized according to a nutrition diagnosis criterion and by their anemia status. DNA was extracted from stool samples and 16S rRNA gene sequencing was performed. 18 children were included. There were no significant differences in alpha or beta diversity between children at risk of malnutrition or anemia and their healthy counterparts. Differential abundance analysis showed that the taxa Butyricimonas, Blautia_A_141781, CAG-41 and UBA1381 were significantly less abundant in children at risk of malnutrition (p.adj < 0.1) compared to their healthy counterparts. Furthermore, the taxa Porphyromonadaceae, Porphyromonas_A_859424, Butyricimonas and UMGS1071 were significantly less abundant in children who suffered from anemia (p.adj < 0.05). The findings suggest that the gut microbiota profile of children at risk of malnutrition or suffering from anemia is depleted in Butyricimonas. Keywords: gut microbiota, children malnutrition, anemia, microbiome Description: CONDICIONAMIENTO DE PUBLICACION DE PROYECTO. Existe cada vez más evidencia indicando que la composición de la microbiota intestinal de los niños puede influir en la malnutrición infantil. Actualmente, no existe evidencia disponible de esta relación en Ecuador. El objetivo principal de esta investigación fue evaluar la composición de la microbiota intestinal en niños sanos y malnutridos de Monte Sinaí para identificar marcadores microbianos asociados con la salud y la malnutrición. Este fue un estudio observacional transversal con aprobación de comité de ética. Se reclutaron niños menores de 5 años que vivían en Monte Sinaí, Ecuador, tras obtener el consentimiento informado de sus padres o tutores. Los participantes fueron categorizados según un criterio de diagnóstico nutricional y su estado de anemia. Se extrajo ADN de muestras fecales y se realizó secuenciación del gen 16S rRNA. Se incluyeron 18 niños en el estudio. No hubo diferencias significativas en la diversidad alfa o beta entre los niños en riesgo de malnutrición o anemia y sus contrapartes saludables. El análisis de abundancia diferencial mostró que los taxones Butyricimonas, Blautia_A_141781, CAG-41 y UBA1381 eran significativamente menos abundantes en niños en riesgo de desnutrición (p.adj < 0.1) en comparación con sus contrapartes saludables. Además, los taxones Porphyromonadaceae, Porphyromonas_A_859424, Butyricimonas y UMGS1071 eran significativamente menos abundantes en niños que sufrían anemia (p.adj < 0.05). Los hallazgos sugieren que el perfil de microbiota intestinal de los niños en riesgo de desnutrición o que sufren anemia está empobrecido en Butyricimonas

Caracterización de las relaciones biogeoquímicas del suelo y su influencia en el reciclaje de carbono, nitrógeno y fósforo en dos sistemas de rotación (maíz-maíz; maíz frijol) con fertilización diferenciada

2025-08-27T20:57:11Z

Title: Caracterización de las relaciones biogeoquímicas del suelo y su influencia en el reciclaje de carbono, nitrógeno y fósforo en dos sistemas de rotación (maíz-maíz; maíz frijol) con fertilización diferenciada Authors: León Maridueña, Ronald Alfonso Abstract: El uso de fertilizantes en conjunto con la rotación de cultivos puede impactar la biogeoquímica de suelos agrícolas. Tres dosis de fertilizantes (N+P kg ha-1): baja (50+10), media (150+30), y alta (200+40) fueron aplicados durante tres años en maíz sin y con rotación con frijol de palo (Cajanuns cajan). Las propiedades fisicoquímicas del suelo (pH, NH4+, NO3-, nitrógeno total- N, fósforo-P, carbono-C), actividad enzimática (β-glucosidasa-BG, N-acetyl-β-D- glucosaminidasa más Leucina aminopeptidasa-NAG+LAP y fosfato monoesterasa-FME) y la presencia/ausencia de bacterias oxidantes de amoniaco y nitrito (BOA y BON, respectivamente) fueron estudiadas para evaluar el efecto continuo del N+P en las propiedades biogeoquímicas del suelo. La dosis alta provocó la mayor disminución del pH (p < 0.05) del suelo en ambos sistemas. La mayor concentración de P en suelo se observó en la dosis baja (p < 0.05). La concentración de NH4+ y NO3- en monocultivo fue mayor que en la rotación (p < 0.05). Las concentraciones de N y C totales no fueron afectadas por el manejo de suelos (N+P*monocultivo – N+P*rotación). El C se relacionó (p < 0.05) con la concentración de BG y FME. El C, N y P no se relacionaron con (p > 0.05) las actividades NAG+LAP. En la rotación el pH se relacionó negativamente con las actividades NAG+LAP, BG y FME, mientras que, en el monocultivo lo hizo con la actividad BG. Después de tres años de evaluación la aplicación continua de N+P no afectó significativamente las variables evaluadas (a excepción del P) a pesar de realizar dos ciclos de maíz al año comparado a zonas de clima templado; mientras que, los sistemas tuvieron un mayor impacto en las enzimas y bacterias evaluadas.