La industria cartonera desempeña un rol importante en el sector de producción y exportación, donde dentro de la línea de producción destacan las máquinas de impresión flexográfica. Dentro de estas máquinas, se encuentran los rodillos anilox que son esenciales para la calidad de impresión, pero requieren una limpieza profunda debido a la acumulación de residuos. El proyecto tiene como objetivo diseñar un sistema automatizado para la limpieza de rodillos anilox, donde garantice la seguridad, profundidad de limpieza y adaptabilidad a diferentes tamaños de rodillos anilox. El proyecto se desarrolló analizando la mejor opción de limpieza para los rodillos anilox de la cartonera y se usó softwares CAD para el diseño, CAM para la mecanización y FEA para asegurar los resultados calculados. Además, se usó la herramienta TIA PORTAL de SIEMENS para la programación de la automatización del sistema. Se obtuvo como resultado un diseño automatizado funcional y adaptable para diferentes rodillos que realiza un proceso de limpieza profunda y segura de tres ciclos el cual cumplió con las necesidades del cliente. Se concluye que el sistema diseñado cumple con los requerimientos deseados y es económicamente viable, logrando recuperar la inversión en el séptimo año de operación. Palabras Clave: Limpieza profunda, automatización, diseño de máquina, adaptabilidad.