Diagnostico molecular de gemivirus en plantaciones comerciales de tomate (solanum lycopersicum l.) y malezas asociadas al cultivo, en la provincia Santa Elena

Abstract

Los geminivirus están constituidos por cuatro géneros, siendo los begomovirus los más destacados, debido a las características de su vector Bemisia tabaci y alta tasa de recombinación que exhiben. Esta familia ha provocado pérdidas estimadas entre 40 y 100% en diferentes cultivos de regiones tropicales y subtropicales como fréjol, tomate, melón, tabaco, calabaza, pimiento, entre otros. El presente trabajo tuvo la finalidad de diagnosticar, secuenciar e identificar por primera vez la presencia de geminivirus mediante la aplicación de técnicas moleculares en plantaciones de tomate (Solanum lycopersicum L.) y malezas (Luffa sp. e Ipomoea sp,) asociadas a este cultivo en la provincia Santa Elena-Ecuador. Se realizaron muestreos dirigidos en las plantaciones de tomate donde se observó: altas poblaciones de mosca blanca (B. tabaci) y síntomas relacionados con la presencia de geminivirus tales como amarillamiento, arrugamiento, clorosis, deformaciones, enanismo y enroscamiento de la hoja. Se realizó la extracción de ADN total de las muestras y para determinar la presencia de geminivirus se emplearon iniciadores dirigidos a amplificar la región central del gen que codifica para la cápside proteica (CP). Las muestras que amplificaron la región de interés fueron clonadas y secuenciadas; además se establecieron relaciones filogenéticas entre varios miembros del género Begomovirus que se encuentran afectando al tomate en América. El 34% de las muestras recolectadas en campo resultaron positivas en el diagnóstico inicial de geminivirus mediante el uso de cebadores degenerados, la mayoría de estas asociadas con síntomas de enrollamiento de la hoja y clorosis. En los análisis filogenéticos se demostró que el geminivirus encontrado presentaba una homología genética del 99% con el Virus de la deformación de la hoja de tomate (ToLDeV), una nueva especie de begomovirus identificada en Perú; encontrándose cuatro variaciones en la secuencia ecuatoriana, las cuales están ubicadas en los nucleótidos 71, 239, 240 y 450 remplazando G, T, C y T por A, A, G y C del ToLDeV. Dichas variaciones en los nucleótidos originaron que al convertirse en aminoácidos ciertos tripletes cambien: el codón que codifica para Arginina CGT (R) fue remplazado por una Histidina CAT (H), mientras que la variación TCT por AGT no ocasionó ningún cambio, ya que estos dos tipos de tripletes codifican para Serina (S); así mismo el cambio en la última base de TAT por TAC, no causa ninguna variación significante, codificando Tyrosina (Y) en las dos posiciones. Los resultados expuestos, constituyen los primeros en la identificación de esta nueva especie de geminivirus en el país afectando los cultivos de tomate y malezas acompañantes; sin embargo no se descarta la presencia de otras especies aún no identificadas.