Investigación que propone un enfoque de identificación y control de sistemas para obtener un modelo dinámico aplicable al procedimiento de biofertilización del cacao que se ha venido suministrando en la hacienda san rafael. El experimento propuesto establece una serie de dosificaciones del biofertilizante para diferentes parcelas agrícolas. Los factores externos como: la temperatura ambiente, la humedad relativa y la precipitación, se consideran en la estimación propuesta. Se desarrolla además un procedimiento de búsqueda exhaustiva de coeficientes, para estimar diferentes órdenes y estructuras de modelos paramétricos. La validación del modelo se realiza mediante ajustes porcentuales de un conjunto diferente de datos; se desarrolla además un análisis de error residual correlacional. Se plantea una estrategia de dosificación alterna de biofertilizante, basándose en el modelo obtenido y utilizando técnicas de control predictivo basado en modelos (MPC).