La alerta global de proliferación de cianotoxinas supone un riesgo para países como Ecuador con menor número de investigaciones realizadas y sin un plan de emergencia para la contención y remediación de FANs. Al mismo tiempo, muchos de estos análisis suelen hacerse en cuerpos de agua estáticos limitando la información que se puede encontrar sobre ríos y cuerpos de agua en movimiento. En este proyecto integrador hemos analizado con herramientas moleculares la prevalencia de genes de cianobacterias relacionados a la síntesis de cianotoxinas en 5 cantones del río Daule durante el periodo de septiembre de 2022 y febrero de 2023 para determinar si existe riesgo de contaminación con cianotoxinas, para ello, hemos utilizado primers específicos para la detección de microcistinas, cilindropermopsinas y anatoxinas. Los resultados de nuestra investigación indicaron que en el río Daule existen bacterias asociadas a la producción de microcistinas y cilindropermopsinas las cuales, presentes en los 5 cantones y en todas las fechas de muestreo con algunas variaciones entre sí. Esta información sugeriría que las cianotoxinas podrían estar viajando río abajo desde la represa Daule Peripa sin la necesidad de que se pueda visibilizar los eventos de FAN en el río Daule ya que no los hemos observado durante el desarrollo de nuestro proyecto. La relevancia de este estudio permitirá a Ecuador desarrollar a futuro planes de contingencia y tecnologías vinculadas a la detección y monitoreo de concentración y riesgo biológico de las cianotoxinas en base a la información de ADN que hemos recolectado en el proyecto.