Ecuador, registró que un 62,1% de los infantes hasta los seis meses recibieron lactancia materna exclusiva a nivel nacional, pese a ello, la desnutrición crónica en niños menores de cinco años alcanzó el 23%. Específicamente en la Amazonía, la desnutrición en niños de 0 a 60 meses en 2012 fue del 3,5% en zonas urbanas; y, del 5,5% en áreas rurales. Por otra parte, la evidencia científica sugirió que la microbiota oral podría servir como un indicador predictivo de enfermedades, convirtiendo la cavidad bucal en un foco potencial para diagnósticos y el desarrollo de pruebas de detección rápidas en el punto de atención. En este contexto, el objetivo central de esta investigación fue examinar la influencia de los patrones dietéticos, sobre la composición y la salud de la microbiota oral en comunidades indígenas como la Kichwa, para esto se realizó un estudio descriptivo observacional transversal con una muestra de 30 madres e infantes de comunidades urbanas y rurales dentro de Tena, habitadas por los Kichwas amazónicos. El estudio siguió la Declaración de Helsinki y todos los participantes dieron su consentimiento informado por escrito. Los protocolos del estudio y los formularios de consentimiento fueron aprobados por el Comité de Bioética de la Universidad San Francisco de Quito aprobado bajo el código CEISH-USFQ 2021-159E. El estudio incluyó evaluaciones antropométricas, análisis de ingesta dietética y evaluación de la microbiota mediante secuenciación del gen 16S rRNA. El estudio encontró que el 89% de las madres practicaban la lactancia materna exclusiva y mostraban signos prometedores de apego y técnicas de lactancia. Sin embargo, el 81% desconocía los alcances de la práctica de la lactancia materna exclusiva y sus beneficios. El estado nutricional se determinó mediante puntuaciones Z, estando la mediana del IMC para la edad dentro del rango normal. La secuenciación del ADN de las muestras de saliva de infantes y madres reveló una rica diversidad bacteriana. En los infantes, se identificaron 223.538 lecturas, dominadas por los filos Firmicutes, Proteobacteria y Bacteroidetes, que constituían prácticamente toda la microbiota oral. Las 25 especies más prevalentes, lideradas por Veillonella ratti, representaban el 95% de las bacterias. Se observó variabilidad en la composición del microbioma entre los infantes de diferentes zonas. En las madres, 60.750 lecturas revelaron una composición similar, con Haemophilus parainfluenzae como la especie más abundante. Además, se reveló una asociación entre el género Neisseria y una dieta rica en carbohidratos, específicamente alimentos como camote, uvillas y zapallo. Estos resultados orientan en la elaboración de recomendaciones dietéticas para promover la salud a través del equilibrio de la microbiota oral. La investigación destacó la necesidad de consolidar conocimientos y promover prácticas de lactancia materna entre las generaciones posteriores, a pesar de la mayor exposición a la urbanización y la modernización en la región amazónica del Ecuador. Así mismo, el estudio sugirió una interacción compleja entre la dieta materna, la microbiota y la nutrición infantil. Las intervenciones dirigidas a la nutrición materna podrían mejorar potencialmente los resultados de salud infantil en la comunidad Kichwa.