En Ecuador, la inocuidad alimentaria se ve amenazada por la presencia de bacterias patógenas en alimentos. El secuenciador MinION de Oxford Nanopore Technologies se perfila como una herramienta accesible para la detección de patógenos transmitidos por alimentos. Esta investigación evalúa su potencial para la detección simultánea de Listeria monocytogenes, Salmonella enterica y Vibrio cholerae en 12 alimentos de alto riesgo incluyendo bolones, ceviches, carne de res, encebollados, ensalada de frutas, empanadas de queso, frutas picadas, mote con chancho, pollo, quesos, salchipapas y salsas picantes. Se desarrolló un protocolo de extracción de ADN, un método de preparación de genotecas 16S y un flujo bioinformático para la detección de bacterias usando la secuenciación de nanoporos. Se evaluó la sensibilidad del equipo minION ante bajas cantidades de patógenos (10-9 , UFC/ml o UFC/g) y se compararon los perfiles microbianos con la secuenciación en Illumina. El protocolo de extracción a base de hidróxido de sodio 50 mM NaOH, obtuvo rendimientos aceptables para la secuenciación de Nanopore. La preparación de genotecas 16S rARN se logró utilizando los barcodes del kit de Nanopore y ajustando las concentraciones de los amplicones equimolarmente. El flujo bioinformático NCBI+ fue una alternativa al flujo EPI2ME oficial de Nanopore. El secuenciador Nanopore detectó Salmonella enterica y Vibrio cholerae con una abundancia relativa < 1% en la menor dilución de bacterias inoculadas (10-9 UFC). No se detectó Listeria monocytogenes en ninguna plataforma. Se identificaron potenciales bacterias patógenas de interés económico en ambas plataformas pertenecientes a los géneros de Bacillus, Campylobacter, Clostridium, Cronobacter, Escherichia, Listeria, Salmonella, Shigella, Staphylococcus, Vibrio y Yersinia. La secuenciación de Nanopore obtuvo un 69% de clasificación a nivel de género, mientras que Illumina alcanzó un 92%. No se encontraron diferencias significativas en la diversidad alfa y beta entre ambas plataformas, pero si se halló una correlación del 70% entre los taxones hallados. El secuenciador MinION es una alternativa a las plataformas de secuenciación NGS por su versatilidad, bajo costo de inversión inicial y rápida obtención de información de perfiles bacterianos en muestras de alimentos. Se requieren estudios adicionales para optimizar la detección de Listeria monocytogenes y aumentar la cantidad de lecturas válidas con clasificación taxonómica a nivel de género y especies