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Title: Diversidad Genética de IHHNV en los Sistemas Ecuatorianos de Producción de Camarón Penaeus Vannamei (Litopenaeus)
Authors: Nuñez Santillán, Denisse Estefanía
Bayot Arroyo, Bonny, directora
Keywords: IHHNV
Penaeus (Litopenaeus) Vannamei
PCR
Diversidad genética
Issue Date: 2016
Publisher: ESPOL. FIMCM: Acuicultura
Citation: Nuñez, D. (2016). Diversidad Genética de IHHNV en los Sistemas Ecuatorianos de Producción de Camarón Penaeus (Litopenaeus) Vannamei. [TESIS]. Escuela Superior Politécnica del Litoral
Abstract: El virus de la necrosis hipodérmica y hematopoyética infecciosa (IHHNV) está asociado con crecimiento retardado y deformidades en camarones Penaeus (Litopenaeus) vannamei. El presente trabajo tuvo como objetivo obtener información de línea base sobre prevalencia y diversidad genética de las cepas de IHHNV circulando en Ecuador, y compararla con las secuencias y aislados virales de otras localidades geográficas. Las relaciones evolutivas de los aislados virales obtenidos en este estudio y 24 secuencias originarias de otros países productores de camarón fueron inferidas con el método discreto de máxima verosimilitud, usando el modelo de sustitución de nucleótidos de 2 parámetros de kimura, como mejor ajuste de evolución molecular. El árbol filogenético mostró diferentes grupos de secuencias, diferenciando tanto el tipo de cepas (infecciosas versus no infecciosas) y el origen geográfico. Las muestras del Ecuador se ubicaron en un gran grupo de cepas infecciosas, pero presentando una diferenciación entre las cepas originarias del Guayas y las de El Oro, sugiriendo la presencia de genotipos en los aislados virales circulantes en el país. Los resultados encontrados pueden generar información útil para manejo a nivel de camaroneras (desarrollo de técnicas de diagnóstico más sensibles, estudios de correlación entre diversidad genética y virulencia, entre otros).
metadata.dc.description.abstractenglish: Infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus (IHHNV) is associated with growth retardation and deformities in the shrimp Penaeus (Litopenaeus) vannamei. The present study aimed to obtain baseline information on the prevalence and genetic diversity of IHHNV strains circulating in Ecuador and compare it with viral sequences and isolates from other geographic locations. The evolutionary relationships of the viral isolates obtained in this study and 24 sequences originating from other shrimp-producing countries were inferred using the discrete maximum likelihood method, using the Kimura two-parameter nucleotide substitution model as the best fit for molecular evolution. The phylogenetic tree showed distinct groups of sequences, differentiating both the type of strains (infectious versus non-infectious) and the geographic origin. The samples from Ecuador were found within a large group of infectious strains, but showed a differentiation between the strains originating in Guayas and those from El Oro, suggesting the presence of genotypes in the viral isolates circulating in the country. The results obtained may generate useful information for management at the shrimp farm level (development of more sensitive diagnostic techniques, correlation studies between genetic diversity and virulence, among others).
URI: http://www.dspace.espol.edu.ec/handle/123456789/54471
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