En este proyecto se identificó las cepas del hongo Trichoderma presentes en muestras de suelos agrícolas de diferentes localidades del Ecuador por métodos morfológicos y moleculares. La propagación de los aislados una vez purificados se realizó en los medios de cultivo de papa Dextrosa Agar, se procedió a la medición de la tasa de crecimiento de los aislamientos puros y por medio de tinción con azul de metileno se determinó la diferenciación de especies de este hongo. Los análisis moleculares concordaron con las clasificaciones de los análisis fenotípicas y además se determinó que las cepas pertenecientes a T. harzianum y T. viride corresponden a las secciones Pachybasium y Trichoderma, respectivamente.