Caracterización de la microbiota de cultivos larvarios de Penaeus Vannamei afectados con la enfermedad de la necrosis aguda hepatopancreática (AHPND)

Abstract

Ecuador es el mayor exportador de camarón de cultivo Penaeus vannamei en la región y uno de los más importantes a nivel mundial. Sin embargo, las enfermedades son la principal limitante de la producción. Actualmente, la enfermedad bacteriana causante de la necrosis aguda hepatopancreática (AHPND) provoca cuantiosas pérdidas en la industria camaronera. El objetivo del presente estudio fue caracterizar las comunidades bacterianas de cultivos larvarios de P. vannamei afectados con la enfermedad de la necrosis aguda hepatopancreática. Se recolectó muestras de 64 tanques de un laboratorio comercial que fue afectado naturalmente por bacterias causantes de AHPND. Las muestras que fueron confirmadas por PCR o histopatología se sometieron al análisis de la microbiota mediante la secuenciación de la región V3-V4 del 16S rRNA. Luego del diagnóstico PCR, los genes de toxina pirABVP fueron detectados en 57 de 64 tanques. El análisis bioinformático identificó alrededor de 8626 ASVs en el total de las muestras. El índice de Simpson determinó diferencias significativas entre los estadíos provenientes de tanques saludables. El análisis de similaridad (ANOSIM) de beta diversidad determinó diferencias significativas entre los tanques sanos y afectados por AHPND. El análisis discriminante lineal (LEfSe) y metagenomeSeq determinaron que los géneros Alteromonas, Pseudoalteromonas, Mameliella, Yangia y Pontibacterium son biomarcadores de salud, mientras que Gilvibacter, Cyclobacterium, Neptunomonas, Haliea fueron biomarcadores de AHPND. Este estudio proporciona información de secuencias de bacterias que fueron significativamente abundantes en larvas sanas y podrían ser usadas como potenciales probióticos contra AHPND.