El cultivo de mora (Rubus glaucus Benth) en la Sierra ecuatoriana, crucial para más de 12 mil productores, enfrenta desafíos por enfermedades virales como el strawberry necrotic shock virus (SNSV), un patógeno no reportado previamente en el país. La falta de programas de certificación fitosanitaria para material vegetal en Ecuador agrava la propagación de enfermedades. Este estudio busca determinar la ocurrencia y la variabilidad genética del virus strawberry necrotic shock virus (SNSV) a partir de material vegetal infectado de la región Sierra de Ecuador para la implementación de medidas de manejo. Para ello se utilizaron muestras de mora y frutilla de las provincias de Tungurahua, Azuay y Pichincha y se emplearon técnicas moleculares como HTS y RT-PCR, y análisis bioinformáticos para evaluar la diversidad genética de la cápside del virus. Los resultados mostraron que SNSV no presenta variantes recombinantes y que las secuencias ecuatorianas están estrechamente relacionadas con las secuencias estadounidenses (AY363238, AY363240, AY363241) con identidades de nucleótidos altas. SNSV parece estar limitado a la mora en Tungurahua, con una incidencia creciente en los últimos años. Estos hallazgos subrayan la necesidad de establecer medidas de manejo y programas de certificación para asegurar material de propagación libre de virus. Palabras Clave: certificación fitosanitaria, diversidad genética, propagación vegetativa, recombinación genética