Se tuvo como objetivo de este estudio determinar la prevalencia y variabilidad genética de Raspberry bushy dwarf virus (RBDV) y Rose ilarvirus-2 (RIV-2) en cultivos de mora andina (Rubus glaucus) en Ecuador. La problemática radica en la propagación de estos virus, que afectan negativamente el rendimiento y la calidad del fruto, amenazando la producción sostenible. Se abordaron como preguntas de investigación el cómo estos virus impactan los cultivos y qué medidas pueden implementarse para su control. Se recolectaron muestras de hojas en diferentes años (2017, 2018, 2023) en las provincias de Tungurahua y Pichincha, y se analizaron utilizando secuenciación de alto rendimiento (HTS), RT-PCR y secuenciación Sanger. Los resultados muestran una alta prevalencia de RBDV en todas las muestras y una variabilidad genética limitada entre los aislados ecuatorianos, sugiriendo una población viral estable. Sin embargo, también se detectaron eventos de recombinación en RBDV, lo que podría implicar una mayor capacidad de evolución. La coinfección con RIV-2 también fue significativa, lo que indica la necesidad de protocolos de diagnóstico más robustos. Los análisis filogenéticos y de recombinación permitieron identificar la prevalencia de RBDV y la primera detección de RIV-2 en Ecuador. Como conclusión, se recomienda implementar programas nacionales de monitoreo y control de virus en viveros, además de ampliar el estudio para incluir más regiones y analizar el impacto de factores ambientales en la evolución viral. Esto contribuiría a mejorar la sostenibilidad de la producción de mora andina en Ecuador